Le SFM collabore étroitement avec différents instituts de l'Université de Neuchâtel, en particulier dans le cadre de la MAPS (Maison d'analyse des processus sociaux). Des manifestations scientifiques sont également organisées et réalisées en commun.

De plus, diverses institutions et organisations en Suisse et à l'étranger trouvent dans le SFM un partenaire fiable pour des travaux en commun. Des coopérations soutenues et à long terme ont été établies avec:

• IMISCOE Research network: International Migration Integration and Social Cohesion
• CEFMR: Central European Forum for Migration Research
• GMF: German Marshall Fund of the United States
• IHEID: Institut de Hautes Etudes Internationales et du Développement, Genève 
• CEDIC: Centre d'études de la diversité culturelle et de la citoyenneté dans les domaines de la santé et du social
• HETS: Haute Ecole de Travail Social de Genève
• HSLU: Hochschule für Soziale Arbeit, Luzern
• ZHAW, Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften