Das SFM arbeitet eng mit verschiedenen Instituten der Universität Neuenburg zusammen, insbesondere im Rahmen des Zentrums für sozialwissenschaftliche Analysen (MAPS). Wissenschaftliche Veranstaltungen werden gemeinsam organisiert und durchgeführt. Weiter ist das SFM Ansprechpartner für zahlreiche Institutionen und Organisationen im In- und Ausland, die sich mit Migration befassen. Es ist insbesondere mit den folgenden Partnerorganisationen vernetzt:

• IMISCOE Research network: International Migration Integration and Social Cohesion
• CEFMR: Central European Forum for Migration Research
• GMF: German Marshall Fund of the United States
• IHEID: Graduate Institute of International and Development Studies, Genf
• CEDIC: Centre d'études de la diversité culturelle et de la citoyenneté dans les domaines de la santé et du social
• HETS: Fachhochschule für Soziale Arbeit, Genf
• HSLU: Hochschule für Soziale Arbeit, Luzern
• ZHAW: Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften