L’ ►Institut d'archéologie regroupe deux chaires d’archéologie, celle de préhistoire et celle de la Méditerranée antique. Hormis les cours donnés par les professeurs, la participation des assistants, des chargés d’enseignement et de conférenciers extérieurs assure diversité et richesse à la formation proposée. L’originalité de Neuchâtel est  à la cohabitation dans le même Institut de deux archéologies assez différentes, dont l’enseignement universitaire est habituellement bien plus cloisonné. Cette caractéristique inédite offre à l’étudiant une plus grande vue d’ensemble et une certaine souplesse quant à sa formation. Il apprendra ainsi à lier la précision du préhistorien à la culture classique propre à l’archéologue des périodes plus récentes.

Grâce aux nombreuses interactions avec le musée du Laténium et l’Office d’archéologie de Neuchâtel, les étudiants sont confrontés au monde professionnel dès la première année. De nombreux stages leur sont d’ailleurs proposés, que ce soit dans des laboratoires, en musée ou encore sur des fouilles archéologiques. Il s’agit donc bel et bien d’une formation dynamique, ouverte sur les réalités du monde contemporain et inscrite dans un réseau académiques enrichissant. Déjà au niveau du bachelor, mais surtout au niveau du master, des cours en commun avec d’autres Universités permettent d’élargir les perspectives d’enseignement et de recherche (Universités de Fribourg, Bourgogne, Franche-Comté).

Enfin, l’archéologie neuchâteloise s’appuie aussi sur d’autres acteurs comme l’association d’étudiants Celtagora, un vaste cercle d’archéologie proposant de nombreuses conférences, ainsi que de prestigieux projets de recherche en Suisse et à l’étranger